Tuyến Kênh Thạch Khôi - Đoàn Thượng do Xí nghiệp Khai thác công trình thủy lợi huyện Gia Lộc quản lý, khai thác với chiều dài hơn 12km. Do sự phát triển của đô thị hóa, tuyến kênh này đang trở thành điểm nóng về vi phạm và là "điểm đen" về ô nhiễm. Nguyên nhân của thực trạng này là do vi phạm phát sinh không được chính quyền địa phương xử lý triệt để. Ghi nhận của phóng viên thời sự:  

Gần đây nhất, 3 trường hợp ở Khu 1, thị trấn Gia Lộc, huyện Gia Lộc là các hộ gia đình ông Hoàng Đình Loan, bà Bùi Thị Huệ, ông Phạm Văn Hà đã tự ý xây dựng công trình cầu kiên cố bắc qua kênh với chiều dài từ 13 đến 14m, chiều rộng từ 3 đến 5m. Đây  là những vi phạm nghiêm trọng mới phát sinh trên tuyến kênh này. Mặc dù đơn vị quản lý quốc lộ 38B đã đặt rào chắn không cho đấu nối nhưng các hộ nêu trên vẫn cố tình xây dựng. Đối với cơ quan quản lý là Xí nghiệp Khai thác công trình thủy lợi huyện Gia Lộc mặc dù đã phát hiện ngay từ giờ đầu và lập biên bản yêu cầu các hộ dừng thi công và giải tỏa vi phạm trả lại hiện trạng ban đâu, nhưng các hộ vẫn không chấp hành. Để qua mắt đơn vị quản lý, các hộ vi phạm đã tận dụng những ngày nghỉ và đêm tối thực hiện thi công. Trong khi đó, Xí nghiệp Khai thác công trình thủy lợi huyện Gia Lộc đã có văn bản kiến nghị chính quyền địa phương nhưng đến nay vẫn chưa được xử lý. 

Do chậm trễ trong xử lý vi phạm của chính quyền địa phương, 2 trong tổng số 3 trường hợp vi phạm nêu trên đã hoàn thiện và đưa vào sử dụng. Sự chậm trễ và thiếu trách nhiệm xử lý vi phạm công trình thủy lợi của chính quyền đã khiến tuyến kênh này trở thành điểm nóng về vi phạm và là điểm đen về ô nhiễm hệ thống thủy lợi của tỉnh. Thực tế này còn kéo theo hệ lụy các hộ vi phạm trước không được xử lý, các hộ sau phát sinh vi phạm sẽ gặp nhiều khó khăn trong xử lý. 

Theo thống kế của Xí nghiệp Khai thác công trình thủy lợi huyện Gia Lộc, hiện tuyến kênh Thạch Khôi - Đoàn Thượng hiện đã tồn tại tới 210 trường hợp vi phạm. Trong đó, nhức nhối và khó xử lý nhất là làm cầu kiên cố qua kênh. Trực trạng tồn tại nhiều vi phạm công trình thủy lợi trên tuyến kênh Thạch Khôi - Đoàn Thượng đã làm ảnh hưởng không nhỏ đến nhiệm vụ tưới, tiêu cho gần 4.000ha đất nông nghiệp thuộc địa bàn thành phố Hải Dương và huyện Gia Lộc. Trước tình trạng vi phạm công trình thủy lợi ngày càng gia tăng, trong khi các địa phương không xử lý triệt để, Công ty TNHH MTV khai thác công trình thủy lợi tỉnh đề nghị các địa phương cần quyết liệt vào cuộc và kiên quyết xử lý nghiêm vi phạm. Về lâu dài, các cấp, các ngành cần có kế hoạch cứng hóa mái bờ kênh để giảm thiểu bồi lắng, đảm bảo an toàn trong quá trình vận hành và đặc biệt chống vi phạm công trình thủy lợi.